The Wind Waker ocurre un centenar de años después de la derrota de Ganon en Ocarina of time, y se sitúa en un vasto océano repleto de islas. La historia comienza cuando Link, un joven que vive con su abuela y su pequeña hermana Aryll en la isla Initia (una de las pocas islas habitadas en el Gran mar), cumple la edad del «héroe legendario». Según la gente que vive en el Gran Mar, hay una leyenda acerca de un reino próspero con un poder dorado oculto que fue robado por Ganon para expandir la oscuridad en esas tierras. Un día, un chico vestido con ropas verdes derrotó a Ganon con ayuda de su Espada Maestra. Tras esto, el joven pasó a conocerse como el «Héroe del Tiempo» y su hazaña se volvió una leyenda. Sin embargo, un día, la oscuridad volvió a emerger y el héroe ya no regresó; los habitantes del Gran Mar desconocen qué ocurrió después en ese reino —aunque ciertamente esta leyenda es en sí la trama del juego Ocarina of Time—. Desde entonces, cuando los jóvenes de la isla Initia llegan a la mayoría de edad, son vestidos con ropas verdes para emular así al Héroe del Tiempo; con esto, los más adultos esperan inculcar en los niños la valentía que ha caracterizado al héroe legendario.
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Cuando el juego comienza, es el cumpleaños de Link y, por lo tanto, éste recibe sus atuendos de color verde. El regalo de Aryll para su hermano consiste en darle permiso de usar su telescopio; coincidentemente, cuando Link mira a través de él, observa a lo lejos a una gran ave que lleva en sus garras a una niña con destino a un bosque cercano. Una vez que encuentra una espada, el joven procede a investigar el misterioso incidente. Al final, logra rescatar a la niña pero, en ese mismo momento, Aryll es secuestrada por esa misma ave. La chica que Link ha rescatado en el bosque se llama Tetra, y es la capitana de un barco pirata. A manera de agradecimiento por rescatarla, Tetra se ofrece a ayudarlo a encontrar a su hermana, por lo que ambos parten en su barco rumbo a la isla del Diablo, donde se hallan varias niñas secuestradas, además de Aryll. Tras un fallido intento de rescate, Link es echado del lugar y, poco después, se encuentra con un bote parlante llamado Mascarón Rojo, el cual lo rescata y le dice que Ganon, el mal de la leyenda, es quien controla esa isla. Según el Mascarón Rojo, Ganon ha vuelto de su aprisionamiento previo para volver a asumir sus oscuros anhelos de dominio sobre el reino de Hyrule, y para evitar ser derrotado nuevamente por Link, procedió a asesinar a los Sabios de la Tierra (Laruto) y del Viento (Fado) para así desactivar el poder de la espada para repeler el mal.( si quereis ver un video gracioso de este juego vayan a: http://www.youtube.com/watch?v=CcVW5wBXEN4
